Что делать?

Любую привычку можно отбить за некоторый срок, у кого-то больше времени у кого-то меньше. каждый раз когда делаете так щипайте себя больно или придумайте свой метод удалить эту привычку.
А насчет того от чего это может быть: наверняка вы в какой-то степени интроверт и хотя вам нравится общение с каким-то определенным человеком все же вам не хочется впускать его к в душу лишний раз.

обычно это происходит из-за боязни неловкой ситуации, что человек не поздоровается в ответ. как вариант просто делать так, чтобы первые здоровались друзья, из-за безвыходности придётся тоже поздороваться, потом страх пройдёт

Я думаю, что проблема не в привычке, а во внутренних комплексах. Не плохо бы поконсультироваться с психологом, реально может помочь разобраться в себе. Понимая проблему глубже, легче будет от неё избавиться.

Вот я тоже не люблю орать на всю питерскую «Здорово, Михалыч!!!».
Тут просто дело в том, что если рядом, то можно поздороваться, но если далеко необязательно. Все делается на усмотрение твое. Можно просто кивнуть в знак приветствия, если он обратил внимание. Ну если нет, то и не зачем и его отвлекать.